就这样，英国业面人工智能战斗战士静E从研究实验室逃跑了······。

在武则天的寝室，太阳曾经的一代女皇，形如枯槁，生命如风中残烛，让狄仁杰颇为感慨之际，元丰突然中毒，大发癫狂，攻击狄仁杰。精通虫道的飞羽帮二人，企诺执以幻涅虫王调制了魔蛾的解毒药剂。

为了给武则天解毒，临审狄仁杰带着元丰，通过乱葬岗的地道，来到了九幽城寻找精通虫道的洪云妹妹---飞羽。面对元丰的恳求，计作看破宦海沉浮的狄仁杰，计作断然拒绝，而妻子却开解丈夫，为了社稷安宁，天下百姓，狄仁杰再三犹豫，还是告别妻子，和元丰秘密回京。元丰在得知真相后，为中弃暗投明，放出了狄仁杰、飞羽。

因办案不利，格承狄仁杰被武则天革职查办。然而，部分这一切其实是武则天的苦肉计。

解决掉天煞后，英国业面狄仁杰等人伪装成天竺国使节，潜入寿诞，齐心合力，成功阻止了幻涅魔蛾的扩散，挫败了诺依德的阴谋。

与此同时，太阳天煞带人偷袭，三人杀死天煞，逃出生天，并成功将药剂，带回皇宫，给武则天服下。平静的小镇波澜骤起，企诺执究竟谁才能一窥古墓的秘密……

是日，临审海港城陷入突然危机，临审高铁、跨海大桥等交通要道突发连环爆炸，吴英雄在追索嫌凶过程中与东区分局刑事侦查组刑警陈真（林更新饰）结为搭档，又再度重逢被逼做人肉炸弹的通缉犯徐达夫（黄渤饰）。重案组刑警吴英雄（赵又廷饰）在拯救客机后成为警界明星，计作出演各种警队宣传片风光无两。

吴英雄和陈真为解救徐达夫妻子杜小晴（关颖饰）并阻止枯草计划，为中与鉴识官蓝西英（张钧甯饰）、为中黑鹰队成员黄世楷（修杰楷饰）等人向夜行者发起挑战。原来，格承一号为夜行者的神秘组织绑架了徐达夫等通缉犯的家属，格承逼迫他们作为人肉炸弹将海港城通向外界的各通路炸毁，使海港城变为孤城，以释放生化病毒，执行毁灭城市的枯草计划